宮崎です。 数日間いろいろ調査した結果、リンカーエラーの原因は clapack 側の問題ではなく、gcc の問題だとわかりました。 細かい理由はよくわかりませんが、とりあえず下のような Makefile でリンクが通って、実行ファイルができました。 GCC := /usr/local/bin/gcc-3.3.2 CFLAGS := -Wall LDFLAGS := --verbose -V PATH_LAPACK := /usr/local/lib/clapack PATH_ATLAS := /usr/local/lib/atlas/Linux_PIIISSE1 LIB := -llapack -lcblaswr -lcblas -latlas -lF77 -lI77 -lm LDFLAGS := -L$(PATH_ATLAS) -L$(PATH_LAPACK) $(LIB) LINKER := /usr/local/bin/ld LINKER_EMULATION := -m elf_i386 LINKER_DYNAMIC-LINK := -dynamic-link /lib/ld-linux.so.2 LINKER_PRE := /usr/lib/crt1.o /usr/lib/crti.o /usr/local/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.3.2/crtbegin.o LINKER_LIBRARIES_C_GCC := -lc /usr/lib/libc.so /usr/local/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.3.2/libgcc.a LINKER_POST := /usr/local/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.3.2/crtend.o /usr/lib/crtn.o SOURCE := test1.c OBJ := test1.o PROG := test1 all: debug debug : $(SOURCE) $(GCC) -DDEBUG -g -c $(SOURCE) $(CFLAGS) $(LINKER) -o $(PROG) $(LDFLAGS) $(LINKER_EMULATION) $(LINKER_DYNAMIC-LINK) $(LINKER_PRE) $(OBJ) $(LDFLAGS) -lefence $(LINKER_LIBRARIES_C_GCC) $(LINKER_POST) rm -f $(OBJ) お騒がせしました。