福原です．
Vine 3.2 の /etc/rc.d/init.d/xfs では 3.1 とくらべて次の行が追加されています．
[ -x "/usr/bin/fc-cache" ] && HOME=/ "/usr/bin/fc-cache"
その結果 fonts.cache-1 ファイルが出来ますが，この更新時刻が fonts.dir の作成時刻
より新しくなり，次回の起動時に必要のない mkfontdir が実行されてしまいます．
elif [ "x$(find . -type f -newer fonts.dir 2>/dev/null)" != "x" ];then
私のところでは，この行を以下のようにすることで回避しました．
elif [ "x$(find . -type f -newer fonts.dir \! -name fonts.cache-1 2>/dev/null)" != "x" ;then
# fonts.dir より新しいファイルで，名前が fonts.cache-1 ではないファイルが存在したら真．
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福原 <makoto@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>