ほんじょうと申します。 ThinkPad T シリーズで VineLinux 3.2 から 4.0 へアップデート、現在 4.1で kernel-2.6.16-0vl68 を使用しております。 原因解明にはなりませんが、 # shutdown -p now ではどうでしょうか。 当方も shutdown -h now では田村さんと同じ状況ですが、 -p オプションでは自動で電源が落ちます。