高瀬さん、ありがとうございます。
私も疑いまして、メモテストは寝てる間に6passまで行いましたがエラーはありませんでした。^^;
ところで、色々調べているうちに、Kernel 2.6.28でIOMMUがサポートされた、との情報を見つけ、現在のバージョンでは2.6.27ですので、とりあえずSeedから2.6.31を引っ張ってきて入れてみました。
結論としては、ネットワークインターフェースのエラーは出なくなりました。
ただ、i/oでの高負荷テストしてはいませんので、ちょっと様子見です。
bootオプションも外してみましたが、ログには
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Checking aperture...
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: No AGP bridge found
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Node 0: aperture @ 0 size 32 MB
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Your BIOS doesn't leave a aperture memory
hole
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Please enable the IOMMU option in the BIOS
setup
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: This costs you 64 MB of RAM
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Mapping aperture over 65536 KB of RAM @
20000000
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: PM: Registered nosave memory:
0000000020000000 - 0000000024000000
Oct 1 11:55:52 localhost kernel: Memory: 7978696k/9043968k available (3449k
kernel code, 788996k absent, 275292k reserved, 4479k data, 484k init)
となり、エラーが出なくなりました。
Oct 1 11:55:53 localhost kernel: PCI-DMA: Disabling AGP.
Oct 1 11:55:53 localhost kernel: PCI-DMA: aperture base @ 20000000 size
65536 KB
Oct 1 11:55:53 localhost kernel: PCI-DMA: using GART IOMMU.
Oct 1 11:55:53 localhost kernel: PCI-DMA: Reserving 64MB of IOMMU area in
the AGP aperture
ただ、今度は違うエラーが出ましたが…
Oct 1 11:55:53 localhost kernel: piix4_smbus: probe of 0000:00:14.0 failed
with error -16
「今のところ」実害はないのですが、前の環境でサーバ同士でデータをやり取りした際に、思いっきりデータが破壊されて使い物にならなくなりましたので、今回は慎重に確かめながらテストなどを行ってみようと思います…。
（ただAMD64環境で私だけなのかが疑問です…他にも同じような環境の方がいらっしゃるとは思うのですが…）
東浜