中井です。
apt.conf~ は、apt.conf を編集して上書き保存した際の
バックアップ (変更前のファイル) かと思います。
そのまま残しておいても動作に影響はないでしょう。
ただ、バックアップファイルがあると言うことは、
どこかが変更されている可能性があるとは思います。
apt.conf などを編集した記憶はございませんか？
apt.conf で、私が気になったのは
> Allow-Duplicated {"^kernel$"; "^kernel-smp"; "^kernel-BOOT";
> "^kernel-devel$"; "^kernel-smp-devel$";
> "^kernel26$"; "^kernel26-smp";
> "^kernel26-devel"; "^kernel26-smp-devel";
> "^kernel24$"; "^kernel24-smp"; "^kernel24-BOOT";
> "^kernel22$"; "^kernel22-smp";
> "^mol-kmods$"; "^mol-kmods22$"; };
の字下げが 全角スペース " " になっていることです。
この全角スペースは、メールに貼り付けてから 手入力したものでしょうか？