ワタナベです。
多くのWebサーバではセキュリティ上等の理由からWebの更新に FTPを利用していないようなのですが、代わりに何を使って 更新したらいいんでしょうか？ 具体的にはWindowsから、LinuxのWeb公開ディレクトリに ファイルをアップロードしたいです。
私はFileZillaというのを使っています。 SSH1、SSH２での接続、SFTP転送をサポートしています。 使い勝手は普通のＦＴＰクライアントです。 http://sourceforge.net/projects/filezilla最新版ではないですが、日本語版にするリソースを配布されてる方もいます。