ABE@相模原です。
同じカードGeForce2 MX をNVIDIA-Linux-x86-1.0-5336-pkg1.run の
ドライバで使用しています。
添付されたXFree86.9.logはNVIDIAドライバをインストールする前の
（nv ドライバをロードしていた時の）ログですよね。
XFree86.0.logを見る限りは以下のような出力がみられ、私の環境での
ログと同じです。なので、NVIDIAドライバは正しくロードされて
いるような気がします。
cat XFree86.0.log |egrep '(detected|VideoRAM|AGP|3D|2D|GLX)'
(II) Loading extension GLX
(II) NVIDIA(0): NVIDIA GPU detected as: GeForce2 MX/MX 400
(--) NVIDIA(0): VideoRAM: 65536 kBytes
(II) NVIDIA(0): AGP 4X successfully initialized
(II) Loading extension NV-GLX
(II) NVIDIA(0): NVIDIA 3D Acceleration Architecture Initialized
(II) NVIDIA(0): Using the NVIDIA 2D acceleration architecture
(II) Initializing extension GLX
ちなみに以下が私のXF86Config-4の Section "Device" の部分です。
======================================================
Section "Device"
Identifier "NVIDIA GeForce 2 MX (generic)"
Driver "nvidia"
BoardName "Unknown"
Option "NvAGP" "3"
EndSection
======================================================
Option "NvAGP" "3" の行は、「もしカーネルのagpgartがあれば
そちらを優先的にロードし、それがダメならNVAGPを試す」という
オプションです。（詳細はドライバ付属のREADME参照ください）
私と違うのはここくらいです。
それと、runlevel 5 のときと、runlevel 3 で現象が違うという
のが気になります。X起動時の初期化スクリプトも疑ったほうが
いいのかもしれませんが、わたしはその辺の知識がないので
よくわかりません。
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ABE Shin-ichi
E-mail : shin1.abe@xxxxxxxxx
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