[vine-users:052366] HDD のデータが消えてしまっ たかも（別の問題発生

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みなさんから聞いたアドバイスを参考に調査しているのですが、
別の疑問が発生しました。

当方PC
IDE PRIMARY MASTER 17GB(WINDOWS 98,2000,VINE)
IDE PRIMARY SLAVE 60G
IDE SECONDRY MASTER CD-R
とこんな感じなのですが、とりあえず新しく買ったHDDを接続すると
WINDOWS は起動しなくなるし、VINE はカーネルパニックを起こします。
まだ、1FDD LINUX でデータのコピーはしていないのですが、コピーできても
起動するか心配です。
何か注意点等ありますでしょうか？
よろしくお願いします。